Um geólogo e pesquisador bastante conhecido, o professor Feldspato Pedroso da Rocha, que fez uma descoberta incrível sobre um mundo misterioso, sai de casa um dia e não volta: desaparece totalmente.

Algum tempo depois, três pessoas - Dara, uma garota que coleciona pedras; Caio, um rapaz que adora futebol; Safira, uma veterinária aposentada - começam a ter estranhos sonhos, em que aparece um homenzinho esverdeado e uma porta formada por três pedras.

O homenzinho é Flint, enviado por um Mestre que vive no mundo misterioso descoberto pelo professor, e que é chamado por algumas pessoas de "Mundo das Pedras". Mestre Rutilo é amigo de Feldspato e vive na Terra dos Iontes, próxima às terras dos Cloriontes e dos Sodiontes, que é como se chamam os seres que vivem no mundo subterrâneo. Ele utiliza seus poderes telepáticos e duas pedras de ágata poderosas, que fazem a comunicação entre os dois mundos, para encontrar o pesquisador desaparecido.

Flint atrai Dara ao parque da cidade, onde está localizado o Último Portal - uma das sete passagens que existem, no mundo exterior, para a terra subterrânea. Lá, ele faz com que a menina encontre um caderno, que se descobre ser o diário do desaparecido professor; Caio, levado pela curiosidade, e Dara, levada pela atração que sente pelo menino, começam a ler o diário. Querem encontrar pistas para descobrir o paradeiro de Feldspato.

Encontram muito mais que isso, porém. No diário há pesquisas, cartas e documentos que abrangem mais de trinta anos, mostrando que vários pesquisadores do mundo buscaram o Mundo das Pedras, como um alemão, Steinwurf; um inglês, Rockwell; uma guatemalteca, Mayán. Na maioria, esses professores também desapareceram misteriosamente.

Absorvidos pelo assunto que, sem querer, desvendaram, os adolescentes continuam pesquisando e descobrem, além de outras coisas, que inimigos desconhecidos cobiçam as descobertas de Feldspato; alguém chega a arrombar a casa dele e roubar seus papéis.

O cachorro do professor, Basalto, foge durante a invasão da casa, e se aproxima da veterinária, doutora Safira, tornando-se o elo de ligação entre ela e os dois jovens. Os três, juntos, passam a procurar respostas àquele mistério.

Na investigação do sumiço de Feldspato e da invasão de sua casa também está o Delegado Valdionor Porfírio, antigo colega de Safira e Feldspato; e, na contramão desse processo todo estão os adversários: Espinélio, um inescrupuloso clorionte que deseja dominar o Mundo das Pedras e, quem sabe, o mundo exterior também. Ele formou verdadeiro exército de cloriontes e sodiontes, redescobriu as águas do Rio Letes, o rio do Esquecimento, e tem ainda um aliado humano: Berilo Sardonix, malfeitor que fará qualquer coisa para pôr as mãos nas riquezas que existem no Mundo das Pedras.

Manipulando asseclas humanos, cloriontes e sodiontes, Espinélio e Sardonix usam de violência, rapto, roubo e ameaças para obter os fins a que almejam; acabam causando uma revolução no mundo das pedras, desencadeando a fúria de um terrível monstro mitológico que se escondia numa furna subterrânea: Esteno, uma górgona sedenta de vingança.

E, bem quando decidem transpor o Portal que leva ao Mundo das Pedras, Safira e Caio são tirados de circulação por Berilo Sardonix. Resta a Dara, instruída por Flint, penetrar o Último Portal e enfrentar muitas dificuldades para ajudar Rutilo a derrotar o perigoso Espinélio e descobrir pistas sobre a localização do professor Feldspato.